O Manchester City foi fundado em 1880 por Anna Connell e dois secretários da igreja de São Marcos em Manchester. Inicialmente o clube ficou conhecido como "St. Marks (West Gorton)". Porém, depois da mudança para o leste da cidade, o nome mudou para Ardwick A.F.C. O Ardwick foi um dos fundadores da segunda divisão inglesa em 1892, mas, após problemas financeiros em 1894, o clube foi reestruturado, e o nome mudou novamente, dessa vez para Manchester City F.C.

O Manchester City conquistou o seu primeiro grande título em 1904, quando bateu o Bolton Wanderers na final da FA Cup, a Copa da Inglaterra. Em 1906, um escândalo atingiu o clube e 17 jogadores foram suspensos por alegações de corrupção. Em 1923, o Manchester City se mudou para Maine Road, no bairro operário de Moss Side. Outro título da FA Cup veio em 1934, seguido pela conquista do Campeonato Inglês da primeira divisão em 1937.

O tri da Copa da Inglaterra chegou em 1956, em uma das finais mais famosas da história. Na ocasião, o goleiro do City, Bert Trautmann, ex-prisioneiro de guerra alemão, continuou jogando mesmo depois de sofrer uma lesão na nuca em uma colisão com um adversário.

O Manchester City foi rebaixado em 1963, mas se recuperou com os técnicos Joe Mercer e Malcolm Allison, que dirigiram o clube durante o período de maior êxito da sua história. O City conquistou o Campeonato Inglês pela segunda vez em 1968, levou a FA Cup para casa mais uma vez em 1969 e completou a boa fase conquistando o primeiro título europeu em 1970, com uma vitória sobre o Gornik Zabrze da Polônia na final da antiga Recopa Européia, disputada pelos campeões das copas nacionais.

Depois dos anos gloriosos no final da década de 1960 e início da década de 1970, a sorte começou a desaparecer. O título em 1976 da League Cup (copa inglesa de menor importância) e a chegada à final da Copa da Inglaterra em 1981 foram as únicas alegrias dos torcedores em Maine Road durante muito tempo. Em 1998, o clube chegou ao momento mais difícil da sua história, ao cair para a terceira divisão. Pela primeira vez uma equipe que havia conquistado um troféu em nível continental caía a uma divisão tão baixa no seu país.

O carismático técnico Kevin Keegan liderou o Manchester City de volta à Premier League em 2002, e o clube vem se mantendo desde então entre os grandes da Inglaterra, mas sem chegar perto das primeiras posições.

Em 2007, o ex-primeiro ministro da Tailândia Thaksin Shinawatra assumiu o City e trouxe o ex-técnico da seleção inglesa Sven-Göran Eriksson. Ao fim da temporada, a décima colocação foi considerada uma decepção, e o sueco acabou substituído por Mark Hughes, ex-jogador do Manchester United e da seleção do País de Gales.

No dia 1º de setembro de 2008, um grupo de investimentos de Abu Dhabi assumiu o controle e já mostrou a intenção de levar o City à elite internacional, adquirindo o brasileiro Robinho do Real Madrid por uma quantia avaliada em 32,5 milhões de libras (R$ 100 milhões), um recorde para o futebol britânico.

O Manchester City manda as suas partidas no magnífico City of Manchester Stadium desde 2003, quando deixou o velho estádio Maine Road. Os torcedores são famosos pela lealdade. Entre os grandes jogadores a terem vestido a camiseta do Manchester City estão Billy Meredith, Bert Trautmann, Mike Summerbee, Colin Bell, Francis Lee e Georgi Kinkladze.